ところが最近、外総苞片の反り返り具合が在来種と外来種の中間のものがあり、葉に含まれる酵素の型や遺伝子の解析により、それらはセイヨウタンポポと２倍体の在来種との雑種である事がわかってきました。
同様に、アカミタンポポと在来種との雑種も確認されています。
（外来種の花粉が在来種に受粉してできたと思われる雑種タンポポ）
さらに外見的にセイヨウタンポポと思われていたものも、その大部分が雑種だった事が明らかになりました。以下文献から引用します
雑種タンポポの出現頻度と全国分布
平成13 年度に環境省が実施した「身近な生きもの調査」では、日本全国からタンポポ類の頭花と種子が収集され、それらの分布図が作成された。
(中略）
形態的にセイヨウタンポポと見なされた844個体のうち、純粋なセイヨウタンポポとして識別された個体はわずか131個体（15 ％）で、残り713個体（85 ％）が雑種タンポポであることが判明した。雑種タンポポの内訳は、４倍体雑種が463個体（55 ％）、３倍体雑種が174個体（21 ％）、雄核単為生殖雑種が76 個体（９％）であった。
核DNAや葉緑体のDNA、染色体数、DNA含量を解析した結果、雑種タンポポは３倍体雑種、４倍対雑種、雄核単為生殖雑種の３種類に分類される。（図2）
「雑種タンポポの識別と全国分布」農業環境技術研究所組換え体チーム「雑種タンポポの識別と全国分布」より引用
たんぽぽ調査西日本2010調査報告書では、セイヨウタンポポに見える個体に占める雑種の割合は62.9％。また、アカミタンポポに見える個体の雑種割合は31.3％であったと報告されています。
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